在推进农业供给侧改革中，湖北出现了不能回避、也是最需警醒的问题——农业生态环境保护与可持续发展的问题。7月22日，省农业厅党组成员、总农艺师邓干生在做客省政府门户网站在线访谈时谈到，湖北用不到全国4%的耕地面积生产出的主要农产品产量均位居全国前列，但也付出了很大代价，湖北农业面源污染比较严重，农业生态环境正在遭受着外源性污染和内源性污染的双重压力。
农业面源污染是指在农业生产活动中，化肥、农药、畜禽粪便以及其他有机或无机污染物质，通过农田的地表径流和农田渗漏，引起的对水层、湖泊、河岸等生态系统的污染。一方面，工业和城市污染向农业农村转移排放，农产品产地环境质量令人堪忧;另一方面，农药、化肥和地膜的使用量逐年上升，畜禽粪便、农作物秸秆和农田残膜等农业废弃物不合理处置，导致农业面源污染日益严重。
据统计，2015年全省有机肥资源总养分约150万吨，实际利用率不足40%，化肥农药有效利用率仅40%，畜禽粪便养分还田率不足50%，秸秆综合利用率才刚达到80%。
为治理农业面源污染，湖北采取了一系列措施。湖北省先后出台了《湖北省水污染防治条例》、《湖北省土壤污染防治条例》、《湖北省畜牧条例》、《湖北省农业生态环境保护条例》等地方性系列法规。省农业厅成立了农业环境突出问题治理工作领导小组，制定了湖北省到2020年农业节水、农药、化肥使用量零增长及农作物秸秆、畜禽粪便、农田残膜基本资源化利用等4个专项行动方案，加强农业面源污染治理技术示范和推广，包括推进农业
清洁生产、发展现代生态循环农业等，以种植业、水产养殖污染减排、农业废弃物资源化利用为重点，扶持和引导以市场化运作为主的生态循环农业建设，探索形成循环发展产业结构和生态布局。
邓干生表示，随着农产品的供给侧向生态、绿色转变，必将大大减少农药和化肥的利用，从而改善土地的污染程度，提高土地生产的可持续性。