一、重大环境因素控制和日常环保检查、污染控制措施及整改等相关管理不完整
如某厂烯烃车间对装置连续半月排油含量超标采取的措施为强化检修制度，强化检修环保意识，杜绝用水冲地，组织人员对化污地沟进行清理，但未能提供整改的相应记录;某厂安全环保部门未能提供厂级重大环境因素运行控制检查记录。
二、环境体系目标与现有环保目标管理未有机融合
QHSE目标指标中针对环保问题制定的目标指标内容不全、针对性不强，有些重要的环保管理指标没有考虑进去。
三、环境保护应急预案缺少或不完善
主要反映在应急预案中缺乏事故状态下环保问题现场处理的具体措施，对事故救援处理时的环境问题没有足够的识别，预案措施不完整，重大污染事故的应急处理预案还需要进一步加强。
四、环境法律法规识别和评审存在缺陷
主要是法规识别不充分、不准确，其实用性和针对性不强。如某些单位与自身活动、过程、产品和服务不相关的国际公约如《濒危野生动植物种国际贸易公约》等识别列入法律法规清单中，综合管理部门未识别出绿化过程中，有关农药使用方面的法律法规;有废气排放烟囱的单位没有将《中华人民共和国大气污染防治法》进行识别、评审与传达;电气车间法律法规目录清单中未收录国家有关氯乙联苯污染物环境保护的有关规定。
五、环境因素识别不充分、评价不准确
1.环境因素中没有把危险废弃物识别出来。
2.重大环境因素的确定不准确。主要是对重大环境因素的评价准则理解不够，把握不准，对通过日常管理措施能有效控制但有重要环境影响的环境因素没有列入重大环境因素中;电气车间未将变压器油中氟氯联苯识别为重大环境因素，未提供氟氯联苯的回收处理证据;某厂原料车间没有把危险固体废弃物离子更换树脂辨识为环境因素，这应是一项重大环境因素;储运单位在做环境因素识别时没有考虑储罐原油泄漏后对环境造成的潜在重大影响;对废油抹布、酸碱中和池底泥等危险废弃物的影响评价为一般，没有从管理的角度考虑其环境影响;对危险固体废弃物没有辨识为重大环境因素。
3.对本职工作范围内的环境因素识别不够。
如工程、机动部门对设备选型方面的环境因素识别(关注)不足，检、维修风险评价中缺乏对环境因素的识别和处置;对检、维修施工作业中相关方所产生的危害、环境因素也未进行识别;技术部门未识别出“规划与设计过程”的环境因素，大型环保技术措施和隐患治理项目无安全与环境评价;安全环保部门在火灾预案中对灭火以后的废水、废气和废残渣排放处理、废气检测等环境因素没有识别控制;部门岗位职责中缺乏环境方面的职责。
六、现场违章排放的环境问题仍然存在
如炼油厂某车间氨油分液罐，切废油操作时，废油切入下水井;某仪表车间的相关方装修现场刷油漆的毛刷放在水中没有处置;污水处理厂化验室的废旧试液直排，没有作为危险废弃物控制。ISO14001环境质量认证中需要注意的问题